人に棲みつく腸内細菌の種類は１０００種類以上、約１００兆個の細菌と言われています。体に良い影響をもたらす有用菌（善玉菌）、悪い影響をもたらす有害菌（悪玉菌）、どちらにも属さない日和見菌。腸内フローラを構成するのは大きく分けて３つのタイプに分けられます。この３つのバランスも重要ですが腸内細菌の多様性も大事だと言われています。
たくさんの細菌が住んでいる様子が「お花畑（フローラ）」に見えることから、腸内に生息する細菌叢は腸内フローラと呼ばれています。

最近の研究で、免疫細胞の７０％が腸に存在していることがわかり、免疫機能を高めるためにも腸内細菌叢を整えることが大事です。